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Les analyses effectuées sur les cours d’eau de la région au cours des mois de mai et juin permettent de faire ressortir les éléments suivant. La qualité des eaux est assez moyenne ces deux derniers mois, sous l’action conjuguée des faibles débits et des fortes températures qui favorisent les phénomènes d’eutrophisation (proliférations végétales). Les cours d’eau alpins alimentés par la fonte des neiges, sont moins affectés. Parmi les secteurs les plus dégradés se trouvent la Turdine et l’Azergues, qui présentent des concentrations en nitrites de 0.3 et 0.6 mg/l (classe jaune à orange, qualité moyenne à médiocre) et des concentrations en orthophosphates de 2 à 4 mg/l (classe rouge, mauvaise qualité) sur les prélèvements des deux mois. En juin, la concentration en nitrites dans le Gier dépasse 4 mg/l (classe rouge) et atteint 2.9 mg/l en NH4 + (classe orange). La Cance est fortement dégradée avec une concentration en azote Kjeldahl proche de 6 mg/l en mai. Des sursaturations en oxygène dissous sont observées. On peut citer notamment la Leysse au Bourget (220%, avec un taux d’oxygène dissous de 17.5 mg/l en début d’après-midi), mais également la Bourne, l’Eyrieux, le Roubion et le Jabron. Ces sursaturations sont la conséquence directe des proliférations végétales. La Bourbre souffre également de la conjonction des fortes chaleurs et des rejets intempestifs (des poissons morts ont été trouvés à Cessieu au moins de juin). Une vigilance particulière est menée sur la basse vallée de l’Ain. Les acteurs impliqués dans la cellule d’alerte de l’Ain poursuivent en étroite collaboration leur travail de suivi et de gestion de la rivière d’Ain. Pour ce qui est enfin de la qualité des eaux au regard des nitrates, elle est moyenne à bonne. Les concentrations les plus élevées sont observées sur le Roubion, le Gier et la Bourbre.

Sur l’ensemble régional, les portions de réseau hydrographique en assec et les mortalités de peuplements restent encore limitées, mais sur certains secteurs la situation est préoccupante, les très faibles débits entraînant une grande fragilité du milieu. La situation, très contrastée sur l’ensemble de la région, est la plus favorable pour les cours d’eau des Pyrénées-Orientales qui ont bénéficié d’un bon enneigement et d’un bon remplissage des retenues. Pour les cours d’eau lozériens, très pénalisés et qui subissent l’hydraulicité la plus défavorable de la région (débit d’étiage VCN 3, à caractère « très sec »), des mortalités des peuplements piscicoles ont été constatées sur le Chapouillet (dysfonctionnement de réseaux) la Jonte et sur la Rimeize (le 6 juin, suite à un rejet industriel). Le moindre rejet dans le milieu récepteur provoquera des mortalités. Les petits affluents du fleuve Aude (bassins du Fresquel, de l’Orbieu,…) sont affectés par les faibles débits ainsi que l’Hers (mortalités). Des pêches de sauvetage ont du être réalisées (Rébenty, Clamoux, Argent Double, Verdouble). Pour les cours d’eau du Gard, la plupart des bassins sont touchés et souffrent de nombreuses ruptures d’écoulement ; mortalités piscicoles sur la Cèze. Dans le département de l’Hérault, où les débits sont moins affectés qu’en Lozère, les grands bassins (Orb, Hérault) ne présentent pas encore de problèmes trop importants. Il n’y a pas eu de portions en assec ni de pêches de sauvetage. Cependant l’étiage naturel de l’Hérault a pu être accentué par une utilisation anticipée de la ressource en eau, notamment pour l’irrigation des vignes à partir du canal de Gignac. Sur la Brèze, les pompages dans le cours d’eau ont commencé pour l’irrigation des plantations de maïs. La Lergue, présente des signes d’eutrophisation prononcés: développement très important d’algues filamenteuses, même en amont de Lodève. La situation régionale des milieux aquatiques (crises de dystrophie, mortalités des peuplements) risque de s’aggraver fortement si les conditions hydrauliques actuelles perdurent.

Au niveau régional, la situation des milieux aquatiques et des peuplements piscicoles paraît la plus critique pour les cours d’eau de Vaucluse . Cependant, pour ce secteur, les têtes de bassin versant ( Auzon, Calavon, Mède , Brégoux, Eze) conservent encore un certain débit alors que la partie avale est sèche à cause notamment des prélèvements abusifs par pompage.

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