Le lac reçoit de la Matière Organique endogène
(c'est à dire produite dans la masse d'eau ou sur le contour
immédiat du lac : phytoplancton, ceintures végétales) et exogène
(c'est à dire provenant de l'environnement à proximité du lac, mais
au-delà des ceintures végétales : débris végétaux, feuilles de
la forêt avoisinante, rejets humains diffus par le passé) dont l’importance
dépasse les capacités d’assimilation du lac.
Ce lac ne fonctionne pas très bien et est en train
de passer naturellement à la tourbière, cependant il serait
incorrect de dire qu'il est pollué ; il ne subit actuellement aucune
pollution, mais les caractéristiques "défavorables" de son
environnement font qu'il s'est comblé plus rapidement.
Les ceintures végétales sont actuellement bien
représentées sur tout le pourtour du lac excepté la rive orientale,
moins hospitalière (substrat rocailleux, forêt, barques de
pêcheurs).
Les ceintures végétales sont bien développées :
la beine représente 44% de la surface du lac (Sb/So) ; cette beine
est colonisée à 66% (Svb/Sb).
Les poissons pêchés dans le lac de Bonlieu, et
examinés en juin 1985, présentent comme ceux examinés en 1984 (à
la demande de l’AAPP locale) un état sanitaire relativement
satisfaisant ; mais ils présentent certains agents pathogènes
(parasites ou bactéries) susceptibles de limiter les capacités
propres du lac en éliminant de nombreux sujets lors de conditions de
milieu défavorables.
Les rendements de captures sont extrêmement
faibles (9.1 g/m2 ; 57g/m2 à St-Point), parmi les plus bas
enregistrés sur les lacs jurassiens. Les rendements au niveau de la
zone pélagique sont nettement inférieurs à ceux de la zone
littorale (6.1 pour 17.1 g/m2) : on constate une mauvaise et inégale
répartition de la masse d’eau.
Les peuplements du lac sont dominés par le Gardon
et le Rotengle (44% et 73% de représentation numérique et
pondérale) ; la Perche arrive en seconde position (avec des petits
spécimens) avec respectivement 55 et 5% de représentation numérique
et pondérale.
On trouve quelques Corégones de forte taille,
résultant d’un ancien alevinage.
Le plan d’eau s’apparente à la famille des lacs à Cyprinidés
et Carnassiers (Perche et Brochet) ; ces derniers avec 20 % de la
biomasse échantillonnée pourraient être considérés comme en
relation avec le peuplement en place si leurs populations étaient
équilibrées et pérennes, ce qui n’était soit-disant pas
forcément le cas : déficit en individus de faible taille pour le
Brochet, en moyenne et forte pour la Perche.